สมุทร มงคลกิติ เป็นผู้ก่อตั้งบริษัท เวิลด์ แพลนท์ เซ็นเตอร์ จำกัด เมื่อปี พ.ศ. 2529[2] และมีผลงานวิจัยด้านการเกษตรหลายผลงาน อาทิ การศึกษาปัจจัยที่มีผลต่อจำนวนประชากรของตั๊กแตนโลคัสต้า[3]

สมุทร มงคลกิติ ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรกรุงเทพมหานครครั้งแรก ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2531 สังกัดพรรคพลังธรรม และได้รับเลือกตั้งต่อเนื่องอีก 3 สมัย ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป มีนาคม พ.ศ. 2535, การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป กันยายน พ.ศ. 2535 และการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2538 ต่อมาในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2539 เขาสอบตก

สมุทร มงคลกิติ เคยได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในรัฐบาลนายชวน หลีกภัย (ชวน 1) เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2537[4] แทนนายถวิล จันทร์ประสงค์ ที่ขอลาออกจากตำแหน่ง

เมื่อปี พ.ศ. 2549 ดร.สมุทร เป็นหนึ่งในผู้สมัครเข้ารับการสรรหาเป็นอธิการบดีมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์[5] แต่ไม่ได้รับเลือก